Oberndorf ist durch ein Ereignis aus der Bedeutungslosigkeit herausgehoben worden, das jedoch zu den schwärzesten Kapiteln der deutschen Geschichte zählt. Es ist der Kaisermord zu Bamberg, den Pfalzgraf Otto VIII. von Wittelsbach am 21. Juni des Jahres 1208 vollbracht hat.
Pfalzgraf Otto VIII. war ein unvergleichlicher Krieger und so begleitete er seinen Kaiser „Philip von Schwaben“, auf vielen Kriegszügen, wobei er die Liebe und Achtung seines Herrn gewann. Die Zuneigung wuchs so stark an, dass der Kaiser ihm seine Tochter „Beatrix“ zur Ehe versprach. Der Pfalzgraf Otto VIII. war aber auch ein jähzorniger, harter Mann, der, einmal in Zorn geraten, nicht mehr Herr seiner selbst war.
Bezeichnend für seine Gewalttätigkeit war, dass er niemals ohne Strick im Gürtel ausritt, um etwaige Übeltäter, die ihm in den Weg kamen, sogleich eigenhändig aufknüpfen zu können. Als der Kaiser Philipp diese Gemütsart erkannte, nahm er sein Versprechen wegen der Verheiratung seiner Tochter unter einem entsprechenden Vorwand wieder zurück. Als Kaiser Philipp seine Zusage bezüglich seiner Tochter Beatrix zurückgenommen hatte, wollte sich Pfalzgraf Otto VIII. um die schlesische Herzogstochter Gertrud bewerben.
Hierzu bat er den Kaiser um ein Empfehlungsschreiben. Kaiser Philipp kam dadurch in Verlegenheit, da er die Bitte des Pfalzgrafen nicht abschlagen wollte, andererseits jedoch keine günstige Beurteilung über ihn zu geben vermochte. Da glaubte sich der Kaiser mit Hilfe eines fingierten Empfehlungsschreibens aus der Schlinge zu ziehen. Er ließ dem Pfalzgrafen, der des Lesens unkundig war, einen zu seinen Gunsten lautenden Brief vorlesen, bemerkte aber, dass er ihn unterschreiben müsse und durch einen Sekretär noch siegeln noch siegeln lasse. Zu diesem Zwecke begab er sich in ein Nebenzimmer. Nach kurzer Zeit kam er zurück und übergab den nun versiegelten Brief mit allen Zeichen des Wohlwollens an den Pfalzgrafen.
Doch Pfalzgraf Otto hatte Verdacht geschöpft, da er eine dunkle Stelle im Brief durchscheinen sah, die er vorher nicht bemerkt hatte. Am Abend öffnete er auf seiner Reise den Brief. Ein Freund bestätigte seine Befürchtungen.
Voll Wut und Hass ritt er in der Nacht noch zurück, um blutige Rache am Kaiser zu nehmen. Es war der 21. Juni 1208 und der Kaiser feierte an diesem Tag die Vermählung seiner Nichte. In den Nachmittagsstunden pflegte der Kaiser, umgeben von wenigen Vertrauten, an diesem Tage waren dies Bischof Konrad III. und der Truchseß Heinrich von Wahlburg, der Ruhe.
Da stürzte plötzlich Pfalzgraf Otto in das Gemach und in seiner rechten Hand blitzte das blanke Schwert. Wie oft hatte er mit diesem den Kaiser durch seine Fechtkünste ergötzt! – Jedoch hier, im trauten Gemach, rief ihm der Kaiser barsch zu: „Steck dein Schwert ein, mich gelüstet heute nicht nach solcher Gaukelei“. Doch der Pfalzgraf schrieh wütend: “Spiel gibt es jetzt auch nicht!” und wütend hieb er dem Kaiser die Schlagader durch. Der nächste Streich traf den Truchseß tief in´s Knie. Durch die allgemeine Verwirrung konnte der Mörder flüchten, während Phillips Leben mit dem verströmenden Blut dahinschwand.
Nach der Untat irrte der Pfalzgraf Otto VIII. von Ort zu Ort. Über ihn und seine Helfer war von Kaiser Otto IV., einem bisherigen Gegner Phillips und sein nunmehriger Nachfolger, die Acht ausgesprochen worden. Den Pfalzgrafen spürten die kaiserlichen Häscher ein dreiviertel Jahr später, im März 1209, an der Donau auf. Er hatte sich hier in eine seiner Burgen zurückgezogen.
Er wurde im Burgstall Oberstrang in Oberndorf gestellt und vom Reichsmarschall von Kahlen, nach anderen von Heinrich von Pappenheim durch viele Wunden getötet. Den abgehauenen Kopf schleuderte man in die Donau, den blutigen Rumpf ließ man liegen.
Mönche aus dem Kloster Indersdorf in Oberbayern, welches der Ahnherr des Getöteten gestiftet und mit reichen Schenkungen ausgestattet hatte, schafften den Leichnam in einem gutausgepichten Fass zu ihrem Kloster. Dort wurde sie in einem unterirdischen Kellergewölbe aufbewahrt. Erst im Jahre 1217 wurde er neben seinen Ahnen in der Klostergruft beigesetzt, nachdem es dem Probst Friedrich zusammen mit Herzog Ludwig gelang, die Lossprechung des Geächteten vom Kirchenbann zu erreichen. Die Leiche wurde mit großem Prunk unter Teilnahme vieler Persönlichkeiten beigesetzt.
Es darf angenommen werden, dass die Kirche in Oberndorf als Sühnekirche von den Angehörigen des Pfalzgrafen errichtet wurde, um die Lossprechung aus dem Kirchenbann zu erwirken. Der Nachfolger des ermordeten Kaisers Philipp, der Welfe Otto IV., ließ durch den Vetter des Geächteten, den Herzog Ludwig dem Kelheimer, die beiden Burgen bis auf den Grund zerstören (1208).
Und nie mehr wurden die geschleiften Burgen wieder aufgebaut. Gewiss bestand auch um diese Zeit bereits ein Donauübergang in Oberndorf, sei es als Furt oder in der Form einer Fähre.