Oberndorf ist durch ein Ereignis aus der Bedeutungslosigkeit herausgehoben worden, das jedoch zu den schwärzesten Kapiteln der deutschen Geschichte zählt. Es ist der Kaisermord zu Bamberg, den Pfalzgraf Otto VIII. von Wittelsbach am 21. Juni des Jahres 1208 vollbracht hat.
Denn drüberhalb der Donau lagen die ebenfalls seit Jahrhunderten bekannten Orte, wie der Sitz Gundelshausen (Gut Gunderichshausen). Unterhalb liegt Lohstadt, ehemals eine Grundherrschaft, die "Stätte am Eichwald" gehörte um 1690 zum Kloster Prüfening. Donauaufwärts war der Edelsitz Poikam ("Buickheim"), der schon um 850 hochstiftliches Regensburger Lehen darstellte. Hoch auf dem Berge ist Kapfelberg, der Herrensitz. Ehemals war der Sitz eine Hofmark mit einem Schloß, wo schon 1391 ein bischöflicher regensburgischer Amtshof genannt wird.
Nähere Informationen über Oberndorf in den folgenden Jahrhunderten gibt es nicht, das heißt, dass bei genauen Nachforschungen doch verschiedene Aufzeichnungen gefunden werden könnten. Aufzeichnungen der Pfarrei gibt es bis zum Ende des 30jährigen Krieges keine. Sie dürften in den Kriegswirren verloren gegangen sein. Es ist zwar bekannt, dass an den Hängen noch Wein angebaut wurde. In den Pfarrbüchern ist die Berufsbezeichnung als “Weinzierl” angegeben.
Eines der größten Häuser in Oberndorf ist das "Herrenhaus". Dieses trug noch bis vor kurzem ein kleines Türmchen, in dem eine Glocke hing. Dieses Haus gehörte, wie früher so ziemlich das ganze Dorf, zum Kloster Prüfening. Bis zur Säkularisation (d. h. Einziehung geistlicher Güter) um 1803 lebten in diesem Haus Fraters aus dem Kloster Prüfening, die alle anfallenden Arbeiten eines dazugehörigen, größeren landwirtschaftlichen Anwesens bewältigten
Durch Zufall fand Franz Hagl bei Aufräumarbeiten im Bad Abbacher Pfarrhof mehrere Hefte mit Aufzeichnungen eines Martin Berghammer, ein Vorfahren des heutigen Bräu Hans Berghammer. Dieser Martin Berghammer führte über den Ort eine Art Tagebuch. Die Aufzeichnungen beginnen im Jahr 1801.
Ein Wahrzeichen Oberndorf's war auch die alte Dorflinde bei der Kirche, die wohl nach den Schrecknissen des Dreißigjährigen Krieges gepflanzt wurde. Der mächtige Stamm war jahrzehntelang bis auf den Grund hohl. Am Fuße maß die Linde an die acht Meter im Umfang, ihre Höhe betrug ca. 20 Meter. Durch Unwetter, Blitzschlag, war die Linde stark beschädigt. Ein Mauerwerk hielt den brüchigen Stamm zusammen. Die Linde wurde am 09.02.1961 gefällt